Linhas de fomento são o conjunto de programas que a FAPEPI desenvolve para cumprir sua missão e na busca de sua visão, desdobradas em seus objetivos estratégicos a FAPEPI, de acordo com o Programa de Gestão para Resultados do Governo do Estado do Piauí 19-22 e o Plano Estratégico FAPEPI 19-22, executa diversos programas com foco em trazer o maior percentual de benefícios em ciência, tecnologia e inovação para a população piauiense.
Bolsas são recursos que podem ser concedidos aos públicos da FAPEPI (ver mapa estratégico) de forma a fomentar pesquisas mediante projetos aprovados em chamadas públicas pela FAPEPI, e são analisados mediante prestação de contas técnica e financeira. Exemplos: bolsas de Mestrado, Doutorado, Iniciação Científica, etc.
Auxílios são recursos concedidos que podem ser concedidos aos públicos da FAPEPI (ver mapa estratégico) que, subvencionados, tem a finalidade de incentivar a produção de ciência, tecnologia e inovação no Estado do Piauí. Podem ser projetos de negócios inovadores, serviços e produtos que fomentam a produção de conhecimento científico sólido para o portfólio de inovação do Estado do Piauí. Também está passivo à prestação de contas técnica e financeira. Exemplos: projetos de inovação tecnológica, prêmios de notoriedade científica, produção de livros, e-books, etc.
Poderão haver programas que concedam especificamente bolsas, ou auxílios, ou bolsas e auxílios nos termos dos editais de chamada pública.