O Conselho Superior é um órgão deliberativo, tendo por competência a orientação geral da Fundação e as decisões maiores de política científica, administrativa e patrimonial. Seu presidente é o gestor da FAPEPI, nomeado pelo Governador do Estado.
*Compete ao Conselho Superior:
I – Elaborar e/ou propor Apreciar e/ou elaborar e aprovar propostas de alterações do Estatuto a serem submetidas à aprovação do Governador do Estado.
II – Apreciar, elaborar, aprovar e modificar o Regimento Interno.
III – Determinar a orientação geral da Fundação.
IV – Estabelecer, anualmente, as prioridades de pesquisa a serem apoiadas pela FAPEPI.
V – Indicar o Diretor Técnico-Científico para nomeação pelo Governador. (Suprimido pela Lei 5.312/2003).
VI- Aprovar, em reuniões ordinárias, realizadas no mês de dezembro, o Plano Anual de Atividades e a Proposta Orçamentária do ano seguinte.
VI – Aprovar, em reuniões ordinárias, realizadas no mês de março, as contas do exercício anterior, o relatório anual de atividades e o calendário anual de reuniões.
*Art. 13 do Regimento Interno da FAPEPI.